I personaggi principali del gioco sono: Sora, un ragazzo di 14 anni che è stato scelto dal Keyblade, una misteriosa arma a forma di chiave che può sigillare ed aprire ogni serratura e distruggere gli Heartless e i Nessuno; Paperino, il mago di corte del Castello Disney; Pippo, il capitano dei cavalieri del Castello Disney; Kairi, un'amica d'infanzia di Sora e Riku, che nella storia si scopre possedere un Keyblade dell'oscurità.
I vari mondi che Sora esplora hanno spesso un personaggio che è possibile aggiungere al party al posto di Paperino o Pippo.
Tra questi figurano:
Mulan, all'inizio travestita da Ping, La Bestia, Il Capitano Jack Sparrow, Aladdin, Jack Skeletron, Simba,Tron, Riku (il miglior amico di Sora che ha aiutato DiZ per risvegliare Sora e sconfiggere l'Organizzazione XIII).
Al contrario del precedente capitolo dove l'Heartless di Xehanort viene rivelato essere il vero nemico nelle battute finali del gioco, l'Organizzazione XIII viene stabilita fin da subito il nemico principale, che controlla i Nessuno. Malefica ritorna nella storia, ma la sua importanza nella trama è meno rilevante che nel primo capitolo.
Alcuni personaggi Disney appaiono nel gioco. Mentre alcuni sono ripresi da "Kingdom Hearts", vengono aggiunti anche Zio Paperone e Pietro Gambadilegno, che si trova in combutta con Malefica.
Diciassette personaggi di Final Fantasy fanno la loro comparsa.
Questi sono:
Auron, Yuna, Rikku, Paine, Vivi Orunitia, Setzer, Raijin, Fuijin, Seifer Almasy, Tifa Lockheart, Selphie, Wakka, Tidus, Squall Leonhart, Aerith Gainsborough, Yuffie Kisaragi, Cloud Strife, Cid Highwind e Sephiroth.
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